Официальным основателем течения и автором аббревиатуры «ЭНИО» считается Фирьяз (в некоторых источниках Фиром) Рахимович Ханцеверов, именуемый в различных эниологических публикациях генералом ГРУ или генерал-майором КГБ. Течение появилось в 80-е годы в СССР на волне иррационалистических настроений того времени и первоначально ассоциировалось с псевдонаучными «разработками» в области психотронного оружия, микролептонных и торсионных полей. В 1988 была образована Всесоюзная ассоциация прикладной эниологии под президентством Ханцеверова.

В настоящее время эниология представляет собой группу течений, с понятийным аппаратом и лексикой, всё менее претендующей на наукообразность: некоторые из эниологических групп и организаций объявили эниологию «эзотерической наукой», оставив, тем не менее в своих названиях титулатуру «Научно-Исследовательский Центр» (НИЦ).

Так, например, НИЦ «ЭНИО» декларирует своей целью «исследование негативного влияния УФО, полтергейстных и иных аномальных проявлений на самочувствие, а также разработка методов нейтрализации этих явлений и реабилитации пострадавших от контактных ситуаций с этими объектами и явлениями … методов нейтрализации психотронных, психотропных, магических и культово-обрядовых воздействий» и т. п.

Украинская Ассоциация эниологов, на проведённом в 2004 в Одессе конгрессе «Эниология ХХІ века» переименовавшаяся в Международную Ассоциацию эниологов, больший упор делает на «интегративную медицину», легализацию паранормальных теорий и практик и «альтернативной науки», в т. ч. и альтернативной физики.

Эниологические организации (в т. ч. и со стандартным названием «Центр прикладной эниологии „ЭНИО“») существуют во многих регионах России и Украины.